Có một số thách thức đối với các nghiên cứu ở cấp độ phân tử được tiến hành gần đây, cho rằng các nghiên cứu này đưa ra quan điểm bóp méo về trật tự phát sinh chủng loài do các nghiên cứu không tính tới các đại diện hóa thạch[4]. Tuy nhiên, các nghiên cứu phân tử đã làm sáng tỏ các mối quan hệ giữa các họ mà trước đây coi là không đơn ngành trước khi có các thông tin ở cấp độ phân tử, từng được đặt trong các cấp bậc không đơn ngành của chúng do không có đủ thông tin để làm khác đi[5]. Tái phân loại dương xỉ có sử dụng các nghiên cứu phân tử phức tạp, nói chung là hỗ trợ lẫn nhau, cũng không có khác biệt gì với các phân loại trong quá khứ — nó là định nghĩa về các mối quan hệ với việc vận dụng toàn bộ các thông tin sẵn có. Nó không ngăn cản nghiên cứu và làm sáng tỏ tiếp theo đối với các nhóm dương xỉ, và cũng không có nghĩa là nếu nghiên cứu tiếp theo chứng minh rằng phân loại này là sai thì nó cũng sẽ không thay đổi.